Megumi Hamaya wurde in Japan geboren und spielte seit früher Kindheit Klavier und Harmonium. Seit ihrem 18. Lebensjahr studierte sie Orgel bei Kimiko Nakayama und absolvierte ihr Bachelor-Studium in Kyoto/Japan.
Seit 2009 studierte sie Orgel an der Staatlichen Hochschule für Musik in Freiburg bei Prof. Helmut Deutsch und absolvierte dort ihr Master-Studium. Danach machte sie ihr Konzertexamen bei Prof. Leo van Doeselaar an der Universität der Künste Berlin in 2015.
Sie ist Preisträgerin internationaler Orgelwettbewerbe, wie z.B. den 2. Preis des renommierten internationalen Schnitger-Orgelwettbewerbs in Alkmaar/Niederlande.
Ihr Repertoire umfasst Werke von der Renaissance bis heute, darunter zahlreiche Uraufführungen. In ihren jährlich ca. 50 Konzerten spielt Megumi Hamaya besonders gerne zeitgenössische Musik bei internationalen Festivals, wie z.B. „Orgel-Mixturen“ in St. Peter in Köln, „BRANDNEU“ in St. Martin in Kassel oder „Randspiele“ in Berlin-Zepernick.
Hamaya spielte u.a. in allen großen Kirchen in Berlin, wie dem Berliner Dom, der Kaiser-Willhelm-Gedächtniskirche und allen anderen bedeutenden Kirchen in Berlin. Außerdem auch weltweit, wie im Tokyo-Metropolitan-Theater (Tokyo/Japan).
Sie ist seit 2020 die Kantorin an der Ev. Segenskirche in Berlin.
Neben ihrer ausgeprägten solistischen Tätigkeit ist sie beliebte Kammermusikpartnerin von Wu Wei (Sheng), Erik Drescher (Flöte) oder Mai Takeda (Trompete). Ein aktuelles Projekt ist eine CD-Produktion um ein nur selten gespieltes Werk, „Rituale“ von Nicolaus A. Huber, für das Label KAIROS, das 2024 veröffentlicht wird.